基因组医学和生物信息学服务实验室

问候

亲爱的访客

欢迎来到生物化学与分子生物学研究所基因组医学和生物信息学服务实验室基因组方面

我们的服务实验室的目的是为大学研究人员提供最新的基因组技术,并促进基因组学领域的科学与产业之间的合作。

一种基因组学代表我们所有的同事,谢谢您访问我们的网站

IstvánSzatmári博士

副教授专业经理

同事

IstvánSzatmári博士

副教授专业经理

和邮件胡志明市与胡志明市

电话50015

 

BálintLászlóBálint博士

基因组学和生物信息学培训助理教授

和邮件胡言乱语

电话50066

 

SzilárdPóliska博士

基因组服务研究员

和邮件警察大学

电话50216, 50210

 

LajosSzéles博士

助理教授,生物信息学服务负责人

和邮件Szelesl med Unideb hu

电话50216

 

ScholtzBeáta博士

生物银行服务副教授

和邮件舒尔茨与胡德贝

电话50219

 

Barta Endre博士

生物信息学顾问副教授

和邮件舒尔茨与胡德贝

电话50215

 

埃塞贝特·马提亚斯

生物学家

和邮件Matyas erzsebet med Unideb hu

电话

 

艾琳(Field Irene)

实验助理

和邮件b马克Mezoi我d海胆

电话

 

办公室巴林特·法泽卡斯·阿格尼斯

执行专家

和邮件阿涅斯·巴林特·梅尼迪·胡

电话

 

RT QPCR服务

专业负责SzilárdPóliska博士研究员

和邮件警察大学电话50216, 50210

 

实时实时定量PCR RT QPCR

实时定量PCR适用于基因表达测定中mRNA分子的绝对和相对定量以及多态性拷贝数变化的检测

在服务实验室中,有PC RT QPCR供用户使用训练后可以独立使用在线仪器预订日历中的使用日期http nlab med unideb hu cal index php必须保留以供每个授权用户使用自己的名称和组织单位进行注册

 

罗氏LC生命科学大楼地板仪器室

该设备配备了孔PCR模块只有带有罗氏(Roche)提供的PCR板的孔才能用于测量目录号LightCycler®多孔板透明如果用户使用其他供应商制造的PCR板并引起技术问题,则全部服务费用将由用户承担

 

罗氏LC体外诊断大楼地板仪器室

该设备配备了孔PCR单元只有带有罗氏(Roche)提供的PCR板的孔才能用于测量目录号LightCycler®多孔板透明如果用户使用其他供应商制造的PCR板并引起技术问题,则全部服务费用将由用户承担

 

QuantStudio K FlexThermoFisher科学体外诊断大楼地板仪器室

该仪器标准配备了四个不同的PCR模块快速包括一个孔块,请在仪器预订日历中或通过电子邮件发送至以下电子邮件地址,指示要使用的孔块类型警察大学:

 

桑格测序和片段分析

专业负责SzilárdPóliska博士研究员

和邮件警察大学电话50216, 50210

 

器具

遗传分析仪之前的ABI PRISM

带有厘米长毛细管的毛细管定序器,已针对BigDye和BigDye测序化学进行了校准,以生成高质量的碱基长度序列

 

服务
  • 质粒测序
  • PCR产物测序
  • 提供通用测序引物

 

底漆名称

引物序列

T启动子

GTAATACGACTCACTATAGGG

终结者

GCTAGTTATTGCTCAGCGG

Ť

CAATTAACCCTCACTAAAGG

SP

TACGATTTAGGTGACACTATAG

M前进

TGTAAAACGACGGCCAGT

M反向

CAGGAAACAGCTATGAC

BGH反向

TAGAAGGCACAGTCGAGG

PGEX前进

GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG

PGEX反向

CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG

 

 

在使用特殊引物进行测序的情况下,订购引物的人员将以毫升反应中mM的浓度提供所需量的引物。

 

收到样品

  • PCR后纯化的测序产物
  • 无需纯化即可对PCR产物进行测序
  • 核酸
    • PCR产物量定量测序反应
    • 质粒ng量测序反应

 

数据通过电子邮件发送给客户。运行结果包含在每个样本的两个文件中。seq扩展名可以包含序列作为txt文件

 

Fragmentanalízis

  • DS滤镜D碳粉盒校准FAM HEX NED ROX
  • DS滤镜G碳粉盒校准FAM VIC NED PET LIZ

仅接受与DS或DS校准兼容的客户准备的样品有关碎片分析的其他问题,请联系您的ThermoFisher Scientific代表

 

NGS服务

专业负责SzilárdPóliska博士研究员

和邮件警察大学电话50216, 50210

 

下一代测序服务NGS

使用下一代测序技术生成大量的序列数据是一种适用于研究复杂生物学问题的方法,包括完整的或靶向的基因组转录组测序表观遗传学测定,基因组测序

可以在基因组医学和生物信息学服务实验室的Illumina开发的NextSeq和MiSeq设备上执行以下测试

 

照亮NextSeq

该设备适用于所谓的单次读取和配对末端测序运行,可以灵活更改读取长度,因此可用于大多数NGS应用

容量

Flow cel配置

扫描长度

数据量为千兆碱基对

运行时间时钟

数据质量

高输出流量cel M单次读取M配对结束读取

bp

30

11

bp

60

18

bp

120

29

中输出流量cel M单次读取M配对结束读取

bp

19

15

bp

39

26

 

照亮MiSeq

Illumina MiSeq是首批所谓的台式测序设备之一

 

服务级别的NGS应用程序,从目录构建到fastq:

完整的基因组测序

完整的外显子或靶向基因组测序

选择了polyA的mRNA测序

定向链RNA测序核糖体RNA耗尽

microRNA测序

芯片序列

元基因组测序

  • 基于S V V区域
  • 基于弹枪的测序

扩增子测序

 

测序数据的存储

测序运行后,我们对样本进行解复用并创建FASTQ文件作为服务的一部分

FASTQ文件在我们的FTP服务器上的受密码保护的文件夹中可用

数据存档符合客户的利益和责任我们希望引起注意的FTP服务器上共享的数据可以从传输之日起保留七个月,然后删除

 

我们将尽最大的努力和专业知识执行所有测序运行,以生成高质量的数据并将其提供给客户,但是,我们对不正确准备的样品不承担任何责任,因此我们无法保证测序数据的质量

测序文库是由客户准备的,因为我们控制文库质量的能力有限

发送用于测序的样品的数量和质量参数不符合我们给出的标准

不适用于Illumina TruSeq或Nextera条码系统

 

DNA RNA的定性和定量测定

专业负责SzilárdPóliska博士研究员

和邮件警察大学电话50216, 50210

 

安捷伦生物分析仪

  • RNA样品完整性的测定
    • 一次定量和定量测定RNA纳米芯片db RNA样品,单位为ng ml,样品体积以ml为单位
    • 一次定量和定量测定RNA Pico芯片db RNA标本,以pg ml为单位,以ml为单位的样品体积
  • 测定DNA样品的定量质量和片段大小分布
    • 同时定量和定性测量DNA芯片db DNA样品并确定bp和bp中的片段大小分布
    • 同时定量和定性测量DNA芯片db DNA样品并确定bp和bp中的片段大小分布
    • 同时对DNA高灵敏度芯片db DNA样品进行定性和定量测量,并确定ng ml样品中bp和bp样品体积中片段大小的分布

 

量子位荧光标记仪

ng ml浓度范围内的DNA样品的荧光定量

 

 

基因组服务的价格

专业负责SzilárdPóliska博士研究员

和邮件警察大学电话50216, 50210

价格是指大学内部转让中的转让

 

 

 

生物信息学服务

专业负责LajosSzéles博士讲师

和邮件Szelesl med Unideb hu电话50216

 

生物信息学亚基的职责

与Illumina NGS下一代测序测序仪的执行相关的主要生物信息学分析,创建Fastq和Bam文件

向NGS群集用户提供服务提供数据存储计算能力安装和更新基因组和程序提供管道原因故障排除

为合作者和客户提供的服务任务,包括转录组学和基因组分析咨询和数据可视化

组织与单位发展有关的活动举办课程和研讨会的招标,引入伙伴关系,引入LIMS系统,制定生物信息学发展战略和数据安全程序

 

目前,我们提供两种水平的转录组分析服务

一,基本分析

质量控制基于PCA

鉴定实验组中表现出不同基因表达的基因并进行列表生成p值和折叠诱导轻松比较和可视化列表热图和维恩图

II复杂分析

基于PCA的质量控制,例如异常条件下样品的异常鉴定在实验组中鉴定和列出具有不同基因表达的基因p值和倍数诱导分析基因途径和GO聚类分析表达模式图散点图火山图Venn图按层次排列的基因列表的热图可视化

 

更多细节

http genbioinfo med unideb hu

档案